PyMOL,Python,数値演算ライブラリーのインストール

・ PyMOLのインストール

>sudo apt-get update
>sudo apt-get install pymol

・インストール後のエラーについて

>pymol
...
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/PMGApp.py", line 315, in initializePlugins
    __builtin__.__import__(mod_name)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/startup/autodock.py", line 48, in <module>
    from numpy import *
ImportError: No module named numpy
Error: unable to initialize plugin 'autodock'.
 PyMOL: normal program termination.

pymolだけインストールすると上記のようにエラーを起こす。
このエラーの回避方法は以下の通り。

>sudo apt-get install libatlas-base-dev
>sudo apt-get install python-numpy
>sudo apt-get install python-scipy

(参照) : http://axela5004.blog74.fc2.com/blog-entry-607.html


・AutoDock Toolsのインストール

>sudo apt-get install autodocktools autodock autogrid

実行の仕方
>autodock4

・MGLToolsのインストール
(URL)：http://mgltools.scripps.edu/downloads
ここからダウンロードしてくる。

> chmod +x MGLTools-1.5.4-Linux-x86-64-Install
>./MGLTools-1.5.4-Linux-x86-64-Install
>cd ~/MGLTools-1.5.6rc3/bin
>chmod +x mglenv.csh     (or >chmod +w mglenv.sh)
>./mglenv.csh                    (or >./mglenv.sh)

※注意

64bit版では1.5.4のバージョンは動かないので注意

64bitの場合
(URL) : http://mgltools.scripps.edu/downloads/mgltools-1-5-6-release-candidate
上のサイトから1.5.6のバージョンをダウンロードする

>chmod +x mgltools_Linux-x86_64_1.5.6rc3_Install
>./mgltools_Linux-x86_64_1.5.6rc3_Install

実行の仕方
>cd ~/MGLTools-1.5.6rc3/bin/
>./pmv

tcshでパスを引くなら

alias pmv       '/home/***/MGLTools-1.5.6rc3/bin/pmv'
alias adt         '/home/***/MGLTools-1.5.6rc3/bin/adt'

・DiscoveryStudio32のインストール
(URL) : http://accelrys.com/products/discovery-studio/visualization-download.php
上記のサイトに必要事項を記入してダウンロードする。
記入するとメールが届くので、メールのリンク先からダウンロードする。

>tar -xvzf DS31Client.tgz
>./DS31Client.bin

・Gnuplotのインストール

>sudo apt-get install gnuplot

・ Pythonのインストール 1. Download
(homepage) : http://www.python.org/
上記のページからPython 2.7.2 bzipped source tarball (for Linux, Unix or Mac OS X, more compressed) もしくは、Python 2.7.2 compressed source tarball (for Linux, Unix or Mac OS X)を保存する。

2. 展開する。

>cd
>mkdir python
>cp ~/Download/
>cd python
>tar xvjf Python-2.7.2.tar.bz2

3. configurationする。

>cd Python-2.7.2
>mkdir ../python2.7 
>./configure --prefix=$HOME/python/python2.7

4. makeする。

>make
>make install

・ 数値演算ライブラリーのインストール
(参考) : http://www.kkaneko.com/rinkou/linux/atlaslinux.html


・ Lapack3.4.0のインストール
(homepage) : http://www.netlib.org/lapack/

・Lapackとは
LAPACKは線形代数ライブラリです。
連立1次方程式を解いたり，固有値問題を解いたり，コレスキー分解をしたりできます。
※LapackにはBLAS (Basic Linear Algebra Subprograms)も付随してついてくる。

1. Download
lapack-3.4.0.tgzをダウンロードする。

2. 展開する

> ~/python
>cp ../Download/lapack-3.4.0.tgz .
> tar -xvzf lapack-3.4.0.tgz

3. make.inc変更する

> cd lapack-3.4.0
> cp INSTALL/make.inc.ifort make.inc

>vi make.inc
(変更前)
SHELL = /bin/sh
↓
(変更後)
#SHELL = /bin/sh
SHELL = /usr/bin/tcsh

4. makeする

> cd BLAS/SRC 
> make
> cd ../..
> make

5. testする

>vi test.f90
>ifort hello.f90 ~/python/lapack-3.4.0/liblapack.a ~/python/lapack-3.4.0/librefblas.a

6. *.a files

>cd ~/python/lapack-3.4.0
>find . -name "*.a" -print
./librefblas.a
./libtmglib.a
./liblapack.a

・ ATLAS3.9.70(Automatically Tuned Linear Algebra Soft.)のインストール
(homepage) : http://sourceforge.net/projects/math-atlas/

1. Download
atlas3.9.70.tar.bz2をダウンロードする。

おまけにgfortranもインストールしておく。

>sudo apt-get install gfortran

2. 展開する

> cd ~/python
> cp ../Downloads/atlas3.9.70.tar.bz2 .
> tar -xvjf atlas3.9.70.tar.bz2

3. configurationする
※intelコンパイラーとlapackのパッケージを付随してインストールする方法は下の<<追記>>を参照してください。

> cd ATLAS
> mkdir BUILD
> cd BUILD
> sudo cpufreq-selector -g performance   ※ これを忘れると、configure の時点でエラーが出る場合がある．
> ../configure -C ic icc -F ic '-O3 -fpic' -C if ifort -F if '-O3 -fpic' -Fa alg -fpic
...

※A
...
make[2]: warning:  Clock skew detected.  Your build may be incomplete.
make[2]: Leaving directory `/misc/home/****/python/ATLAS/BUILD'
make[1]: warning:  Clock skew detected.  Your build may be incomplete.
make[1]: Leaving directory `/misc/home/****/python/ATLAS/BUILD'
make: warning:  Clock skew detected.  Your build may be incomplete.
DONE configure
>

※A

このAのとこでエラーを喰らう可能性があるので(投稿者はたくさん喰らいました・・・)エラー文を注意して読んでください。
≪追記≫
※(重要)

>../configure -C ic icc -F ic '-O3 -fpic' -C if ifort -F if '-O3 -fpic' -Fa al -fpic --with-netlib-lapack-tarfile=$HOME/python/lapack-3.4.0/lapack-3.4.0.tgz

でもできました。 intelのコンパイラーとlapackのtarでのconfigureはこれでできます。
投稿者はこれでできたのでこれの方が絶対的にいいと思います！！


4. makeする

>make
...
./xgmmsearch -p s -b 56 -o res/sguMMRES.sum
※B
...
    DONE  STAGE 5-1-0 at 12:59


ATLAS install complete.  Examine
ATLAS/bin/<arch>/INSTALL_LOG/SUMMARY.LOG for details.
make[1]: Leaving directory `/misc/home/****/python/ATLAS/BUILD2'
make clean
make[1]: Entering directory `/misc/home/****/python/ATLAS/BUILD2'
rm -f *.o x* config?.out *core*
make[1]: Leaving directory `/misc/home/****/python/ATLAS/BUILD2'
>

※B

ここで長い時間動かなくてもちゃんと動いているので、あせらず気長に待ってください。

5. 確認する

>make check
>make ptcheck
>make time

6. *.a files

>cd ~/python/ATLAS
>find . -name "*.a" -print
./BUILD/lib/libptcblas.a
./BUILD/lib/libtstatlas.a
./BUILD/lib/libptf77blas.a
./BUILD/lib/libptlapack.a
./BUILD/lib/libf77blas.a
./BUILD/lib/liblapack.a
./BUILD/lib/libatlas.a
./BUILD/lib/libf77refblas.a
./BUILD/lib/libcblas.a
./BUILD/src/lapack/reference/libtmglib.a
./BUILD/src/lapack/reference/liblapack.a
./BUILD/src/lapack/reference/lapack_Core264SSE3.a

・ NumPyのインストール
(homepage) : http://numpy.scipy.org/

>sudo apt-get install libatlas-base-dev

※上でATLASを作っている場合はインストールしないようにする。

1. Download 
numpy-1.6.1.tar.gzをダウンロードする。

2. 展開する

>cd ~/python
>mv ../Download/numpy-1.6.1.tar.gz .
>tar -xvzf numpy-1.6.1.tar.gz

3. buildする 

>cd numpy-1.6.1/
>~/python/python2.7/bin/python setup.py build

4.インストールする

>~/python/python2.7/bin/python setup.py install

5. 確認する

>~/python/python2.7/bin/python
Python 2.7.2 (default, Mar 20 2012, 16:10:49)
[GCC 4.6.1] on linux3
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from numpy import *    ( ※または>>> import numpy)

※A

>>>

or

>python -Wd -c 'import numpy; numpy.test()'
>

※Numpyがどうしてもソースからインストールできない場合

>sudo apt-get install python-numpy

・ SciPyのインストール
(homepage) : http://new.scipy.org/index.html

1. Download 
scipy-0.10.1.tar.gzをダウンロードする。

2. 展開する

>cd ~/python
>mv ../Download/scipy-0.10.1.tar.gz
>tar -xvzf scipy-0.10.1.tar.gz

3. buildする

>cd  scipy-0.10.1/
>~/python/python2.7/bin/python setup.py build

4. インストールする

>~/python/python2.7/bin/python setup.py install

5. 確認する

>~/python/python2.7/bin/python
>>>  from scipy import *    ( ※または>>> import scipy)
※A
>>>

※Scipyがどうしてもソースからインストールできない場合

>sudo apt-get install python-scipy

※A

ここでエラーを喰らう可能性があります。

(numpyの場合)
 Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "*****/__init__.py", line 128, in <module>
    raise ImportError(msg)
ImportError: Error importing numpy: you should not try to import numpy from its source directory; please exit the numpy source tree, and relaunch your python intepreter from there.

[対処方法]

(numpyの場合)
>cd ~/python/python2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy
>chmod 755 *.py*
(scipyの場合)
>cd ~/python/python2.7/lib/python2.7/site-packages/scipy
>chmod 755 *.py*
※*.pyがpython用で、それをコンパイルしたものが*.pycです。

(参考) : http://home.hiroshima-u.ac.jp/~tyoshida/dokuwiki/python